银行办理的POS机和第三方支付公司办理的POS机有区别。银行办理的POS机是由银行直接发放给商户的，商户需要在银行开设对应的账户，并且交纳一定的保证金或者缴纳一定的年费。而第三方支付公司办理的POS机则是由支付公司提供给商户的，商户需要在该支付公司注册账户并缴纳一定的服务费用。此外，银行办理的POS机主要用于借记卡和信用卡的交易，而第三方支付公司办理的POS机则可以支持多种支付方式，如支付宝、微信支付等。此外，第三方支付公司办理的POS机还可以提供一些增值服务，如会员管理、营销推广等。因此，商户可以根据自己的需求选择不同的POS机。
