第三方支付机构与银行、银联、商户进行结算的方式有很多种，具体方式取决于双方的合作协议和业务模式。一般来说，第三方支付机构会与银行、银联、商户建立合作关系，通过电子渠道进行结算。在与银行合作时，第三方支付机构可以选择直接与银行进行结算，也可以选择通过银行的代理结算机构进行结算；与银联合作时，第三方支付机构可以通过银联的清算机构进行结算；与商户合作时，第三方支付机构可以通过向商户结算账户转账的方式进行结算。此外，第三方支付机构还可以与其他支付机构合作，通过互联互通的方式进行跨境结算。需要注意的是，不同的结算方式可能会有不同的手续费和结算周期，具体情况需要根据实际情况进行协商。
